Zastosowanie mikroskopu pozwala na bardzo precyzyjną lokalizację ujść kanałów, w tym także odnalezienie kanałów dodatkowych, które kiedyś nieleczone były częstą przyczyną niepowodzeń. Mikroskop pozwala zajrzeć tam, gdzie nie sięga „nieuzbrojone” oko.

Mikroskop stomatologiczny ułatwia także leczenie kanałów o trudnej budowie anatomicznej m.in. o dużym stopniu zakrzywienia czy kanałów rozdzielających się głęboko przy wierzchołku. Użycie mikroskopu umożliwia także usunięcie złamanych narzędzi kanałowych, które stanowią poważną przeszkodę w trakcie leczenia.Stosowany jest także w zabiegach z zakresu mikrochirurgii endodontycznej, takich jak resekcje wierzchołków korzeni, pokrywanie perforacji korzeniowych czy hemisekcje zębów.